Если компания удержала у работника излишнюю сумму налога, компании нужно вернуть ему необходимую сумму за счет предстоящих платежей в бюджет как по этому работнику, так и по другим. Сделать это необходимо в течение трех месяцев со дня получения соответствующего заявления от работника.
Однако суммы налога, которые подлежат перечислению налоговым агентом в бюджет, может быть недостаточно для возврата. В таком случае налоговому агенту нужно подать новую справку 2-НДФЛ взамен ранее представленной и заявление о зачете или возврате излишне уплаченного налога. К заявлению также нужно приложить выписку из регистра налогового учета и документы, которые подтверждают излишнее перечисление суммы налога в бюджет (бухгалтерские справки, пояснения, расчетно-платежные ведомости с исправлением ошибки).
До того, как инспекция вернет налог налоговому агенту, налоговый агент вправе вернуть работнику излишне удержанную сумму налога за счет собственных средств.
Об этом говорится в письме ФНС России от 13.08.2014 № ПА-4-11/15988.
Кстати, о том, что нужно делать, если компания не смогла удержать НДФЛ, читайте в статье: «Компания не смогла удержать НДФЛ? Не страшно, нужно лишь сообщить об этом в инспекцию»